نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

• احلام نبهانی ¹
• مهدی سلطانی حویزه ¹
• مسعود پرویزی آلمانی ²

¹ گروه ژنتیک و بهنژادی گیاهی، .واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران.

² موسسه تحقیقات و آموزش توسعه نیشکر

چکیده

به منظور آنالیز تنوع ژنتیکی موجود در خزانه محلی ژرم پلاسم نیشکر استان خوزستان با استفاده از نشانگر مولکولی RAPD تعداد 48 ژنوتیپ‌ از این خزانه تهیه شد. استخراج DNA از برگ‌ها، با استفاده از روش SDS پتاسیم استات انجام گردید و کیفیت و کمیت آن به ترتیب با استفاده از الکتروفورز ژل آگارز 1 درصد واسپکتوفتومتر (UV-Vis Camspec M350 Spectrophotometer) ارزیابی شد. در ادامه چرخه های PCR بر اساس نوع آغازگر تعیین شدند. 20 پرایمر در این مرحله مورد استفاده قرار گرفت. آنالیز آماری داده‌های حاصل با استفاده از نرم افزار NTSYS 2.10انجام گرفت. برای تعیین میزان تشابه بین جمعیت ها، از ضریب جاکارد استفاده شد و با استفاده از الگوریتم UPGMA یک دندروگرام بر مبنای ماتریس تشابه تهیه شد. با انجام PCR تعداد 54 قطعه DNA تکثیر شده قابل ارزیابی در نمونه‌ها بدست آمد که 53 باند، معادل 98 درصد باندها چند شکل بودند. بیشترین تعداد باند مربوط به پرایمرهای OPM16 با 5 باند و OPm17 ، OPM36، OPM24 و OPA02 با 4 باند بود. همه پرایمرها به جزء پرایمرOPM27 صددرصد پلی مورفیسم را نشان دادند که بیانگر تنوع بالای نمونههای نیشکر میباشد. بر اساس تجزیه کلاستر و قطع دندروگرام در ضریب تشابه (59%) ژنوتیپهای نیشکر به پنج بخش تقسیم گردیدند. که از این پنج بخش، چهار بخش تنها شامل یک ژنوتیپ بودند و 45 ژنوتیپ دیگر در یک گروه قرار گرفتند. از این رو نتایج بدست آمده به انتخاب والدین با فاصله ژنتیکی بیشتر جهت تلاقی‌های موفق‌تر و دست‌یافتن به تنوع ژنتیکی بالاتر کمک خواهد نمود.

کلیدواژه‌ها

• ژرم پلاسم
• پلی مورفیسم
• ژنوتیپ
• پی سی آر

موضوعات

• ژنتیک

عنوان مقاله [English]

Genetic diversity analysis in the local treasury of sugarcane germplasm in Khuzestan province using RAPD marker

نویسندگان [English]

• Nabhani, Ahlam ¹
• Mehdi Soltani Howyzeh ¹
• Masoud Parvizi Almani ²

¹ Department of Genetics and Plant Breeding, Ahvaz Branch, Islamic Azad University, Ahvaz, Iran.

² Research and training institute for the development of sugarcane

چکیده [English]

This study was performed to analyze the genetic diversity of sugarcane germplasm in Khuzestan province using the RAPD marker at Islamic Azad University, Ahvaz Branch, Iran. The sample size was 48 genotypes from the sugarcane germplasm of Khuzestan province. DNA extraction from leaves was performed using the potassium acetate SDS method. DNA quality test was done with electrophoresis (Agarose gel 1%) and DNA quantity was determined by spectrophotometer (Model: UV-Vis Camspec M350). Sixteen primers were selected for PCR and statistical analysis was performed by the NTSYS software. The Jaccard coefficient was used to determine the similarity of populations and the similarity matrix obtained by the UPGMA algorithm. After PCR, 54 fragments were amplified; among them, 53 bands (98%) were polymorph. OPM16 showed the highest band number (5 bands) and OPM36, OPM24 and OPA02 showed 4 bands. All primers showed 100% polymorphism except OPM27. According to cluster analysis, genotypes are divided into 4 groups. Three groups included a genotype and one group included 45 genotypes.

کلیدواژه‌ها [English]

• Germplasm
• Polymorphism
• Genotype
• PCR