نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه علوم گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران

2 گروه علوم و زیست فناوری گیاهی، دانشکده علوم وفناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران

3 دانشیار گروه علوم و زیست فناوری گیاهی، دانشکده علوم وفناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران

چکیده

یکی از مراحل ارزیابی ایمنی محصولات تراریخته پتانسیل آلرژی زا بودن آن است. بدین منظور بررسی آلرژی‌زا بودن پروتئین‌های تولید شده توسط این محصولات با استفاده از تجزیه و تحلیل‌های بیوانفورماتیکی، امری ضروری تلقی می‌شود. در این مطالعه برای ارزیابی بیوانفورماتیکی شش پروتئین مهم محصولات تراریخته از سه پایگاه داده آلرژنها ( Allergenonlineو SDAP وAllermatch ) استفاده شد. توالی‌های ورودی محصولات برای بررسی مشابهت با توالی کامل و آمینواسیدهای 80 تایی با شباهت بیشتر از 50 و 35 درصد بترتیب در پایگاه داده آلرژن مورد بررسی قرار گرفتند. از بین پروتئین‌های مورد مطالعه، کیتیناز و PRP که مصرف انسانی دارند شباهت بالایی با پروتئین‌های آلرژن نشان دادند. این پروتئین‌ها منشا گیاهی داشته و بطور طبیعی آلرژن محسوب می شوند. درحالی که پروتئین هورمون رشد (Growth Hormone-1)، Cry1AC (پروتئین کریستال دفع آفات)‌، CspB (پروتئین تحمل به خشکی ) و‌(Rpi-vnt1.2) شباهتی با پروتئین‌های آلرژن نشان ندادند. نتایج به دست آمده نشان می‌دهد که ارزیابی آلرژی‌زا بودن و آنالیزهای بیشتر (بررسی کل پروتئین ها‌) قبل از تجاری سازی این محصولات لازم است تا ایمنی محصولات تراریخته تایید شود.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Bioinformatics evaluation of transgenic organisms for allergenicity potential

نویسندگان [English]

  • Abbas Saidi 1
  • Zohreh Hajibarat 2
  • Zahra Hajibarat 2
  • masoud tohidfar 3

1 Department of Plant Sciences and Biotechnology, Faculty of Life Sciences and Biotechnology, Shahid Beheshti University, G.C. Velenjak, Tehran, Iran.

2 Department of Plant Biology & Biotechnology, Faculty of Life science and biotechnology, Shahid Beheshti University

3 Associate Professor of Biotechnology, Department of Plant Sciences & Biotechnology, Faculty of Life science and biotechnology, Shahid Beheshti University, G.C. Tehran, Iran

چکیده [English]

One of the evaluation steps in the safety of transgenic crops is the potential for allergenicity. Therefore, it is necessary to investigate the allergenicity of the produced proteins of transgenic organisms using bioinformatics analysis before anything else. In this study, three allergen databases (Allergenonline, SDAP and Allermatch) were used to evaluate the bioinformatics of six important proteins of transgenic products. Query sequences were analyzed for survey of allergen sequences by full FASTA and 80 amino acids with more than 50% and 35% similarity in allergen databases, respectively. Among the studied proteins, Chitinase and PRP (pathogenesis-related proteins) showed high homology with allergen proteins, that these proteins have plant origin and are naturally and are consumed by humans. In contrast, growth hormone protein (Growth Hormone-1), Cry1AC (resistant to insect pest), CspB (drought tolerance protein) and (Rpi-vnt1.2) has not shown any homology to allergenic proteins. The results showed that the evaluation of allergenicity and other analysis (study of total proteins) before commercialization of these products seems necessary to confirm the safety of transgenic products.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Allergenicity
  • Sequence homology
  • Safety assessments
  • Transgenic crops